現(xiàn)代數(shù)量遺傳學(xué)與計算機(jī)應(yīng)用基礎(chǔ)

第一章 R語言介紹
一、基本數(shù)學(xué)和統(tǒng)計計算
二、對象和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
三、簡單的循環(huán)編程
四、創(chuàng)建函數(shù)
第二章 VCF文件處理
一、VCF格式文件
二、使用VCF格式的SNP數(shù)據(jù)
三、問題
第三章 哈迪-溫伯格平衡
一、哈迪-溫伯格平衡的基本假設(shè)
二、哈迪-溫伯格平衡的用途
三、違反哈迪-溫伯格平衡的常見情況
四、哈迪-溫伯格不平衡的顯著性檢驗
五、下一代測序易出現(xiàn)的問題
六、練習(xí)
第四章 群體結(jié)構(gòu)
一、等位基因頻譜中的偏斜
二、Fs群體分化
三、遺傳漂變
四、自然選擇
第五章 連鎖不平衡
一、定義、數(shù)據(jù)和統(tǒng)計
二、解釋、分析和應(yīng)用
第六章 等位基因頻譜
一、單位點與多位點
二、合并理論
第七章 Tajima's D
一、溯祖樹
二、核苷酸多樣性
三、計算每個窗口的沃森θ
四、計算每個窗口的核苷酸多樣性
五、計算及繪制
第八章 麥當(dāng)勞-克里特曼檢驗
一、中性指數(shù)
二、相關(guān)檢驗
三、Ka/Ks
第九章 統(tǒng)計計算基礎(chǔ)
一、扔硬幣模擬
二、計算機(jī)模擬解決概率問題
三、Gibbs抽樣
四、EM算法
第十章 科學(xué)研究中的常用算法
一、用蒙特卡洛方法求解圓周率
二、斐波那契數(shù)列
三、快速自助法重采樣
四、置換重采樣
第十一章 群體遺傳學(xué)基礎(chǔ)
一、群體遺傳學(xué)
二、基因的定義
三、基因座位
四、純合型、雜合型、復(fù)等位基因
五、基因型
六、基因（基因型）到性狀（表型）
七、基因的顯隱性
八、性狀的顯隱性
九、基因與環(huán)境共同決定表型
十、遺傳學(xué)分離定律
十一、遺傳學(xué)自由組合定律
十二、遺傳學(xué)連鎖和交換定律
十三、重組率的作用
十四、基因頻率和基因型頻率
十五、等位基因頻率的估計
十六、基因型頻率的估計
十七、基因頻率和基因型頻率的關(guān)系
十八、群體的雜合度
十九、交配系統(tǒng)及其分類
二十、哈迪-溫伯格平衡定律
第十二章 數(shù)量性狀的遺傳統(tǒng)計學(xué)基礎(chǔ)
一、數(shù)量性狀的遺傳學(xué)基礎(chǔ)
二、數(shù)量性狀在純系雜交后代中的分布
三、數(shù)量性狀遺傳的純系理論
四、數(shù)量性狀是否服從孟德爾遺傳規(guī)律之爭
第十三章 連鎖分析和遺傳圖譜構(gòu)建
一、世代轉(zhuǎn)移矩陣的定義
二、2個座位上的10種基因型
三、10種基因型的頻率向量
四、后續(xù)世代中10種基因型的頻率向量
五、轉(zhuǎn)移矩陣的概念
六、轉(zhuǎn)移矩陣的作用
七、AABB和AABb與親本P1回交
八、AAbb和AaBB與親本P1回交
九、ABab與親本P1回交
十、AbaB與親本P1回交
十一、Aabb和aaBB與親本P1回交
十二、aaBb和aabb與親本P,回交
十三、與親本P1回交的轉(zhuǎn)移矩陣
十四、與親本P,回交的轉(zhuǎn)移矩陣
十五、自交世代轉(zhuǎn)移矩陣：雙純型
十六、自交世代轉(zhuǎn)移矩陣：單純或單雜型
十七、自交世代轉(zhuǎn)移矩陣
十八、加倍單倍體世代轉(zhuǎn)移矩陣
十九、連續(xù)自交世代轉(zhuǎn)移矩陣
二十、基因型理論頻率的矩陣表示
二十一、DH群體中重組率的極大似然估計
二十二、重組率的極大似然估計和顯著性檢驗
二十三、重組率MLE的Newton迭代算法
二十四、Newton迭代算法的幾何原理
二十五、Newton選代算法的初始值選擇
二十六、F2群體中重組率估計的EM算法
二十七、F2群體中重組率估計EM算法的步驟
二十八、奇異分離現(xiàn)象
二十九、奇異分離對重組率估計的影響
三十、利用選擇后頻率得到的重組率
第十四章 奇異分離座位的鑒定
一、奇異分離的證據(jù)
二、隨機(jī)交配種群的平衡
第十五章 遺傳研究群體
一、遺傳研究的常見群體類型
二、基因型數(shù)據(jù)的初步整理和分析
參考文獻(xiàn)
附錄A
附錄A1 第九章 練習(xí)題和參考答案
附錄A2 第十四章 練習(xí)題和參考答案
附錄A3 第十五章 練習(xí)題和參考答案
附錄B
附錄B1 Excel中公式的編輯、復(fù)制和粘貼
附錄B2 Excel公式中控制符“$”的使用
附錄B3 Excel中的矩陣運算
附錄B4 Excel中的描述統(tǒng)計量
附錄B5 Excel中的數(shù)據(jù)分析模塊