華南濱海小流域水文界面過程中的微生物時空變化

第1章 緒論
1．1 研究背景及意義
1．1．1 研究背景
1．1．2 研究意義
1．2 國內外研究進展
1．2．1 小流域水文界面過程研究
1．2．2 分子生物學方法的研究進展
1．2．3 小流域地下水與微生物相互作用的研究進展
1．2．4 人類活動影響下的水體微生物研究
1．3 研究內容與技術路線
1．3．1 研究內容
1．3．2 技術路線
第2章 研究區(qū)概況
2．1 自然地理概況
2．1．1 地形、地貌
2．1．2 氣候特征
2．1．3 生物資源
2．2 水文地質背景
2．2．1 地質構造
2．2．2 河流水系
2．2．3 地下水補給、徑流、排泄條件
2．3 社會經(jīng)濟發(fā)展概況
2．3．1 行政區(qū)劃
2．3．2 人口現(xiàn)狀
2．3．3 經(jīng)濟發(fā)展與土地利用
第3章 研究方法
3．1 材料
3．1．1 細胞株與質粒
3．1．2 試劑
3．1．3 培養(yǎng)基
3．1．4 主要儀器
3．1．5 實驗所用主要溶液
3．1．6 引物
3．1．7 樣品
3．2 方法
3．2．1 水樣微生物總DNA提取
3．2．2 16S rDNA的擴增及產(chǎn)物純化
3．2．3 16S rRNA基因的T載體連接
3．2．4 連接產(chǎn)物的轉化（含感受態(tài)細胞的制備）
3．2．5 陽性克隆篩選
3．2．6 ARDRA分型
3．2．7 16S rRNA序列的RFLP分析
3．2．8 序列比對和系統(tǒng)發(fā)育分析
3．2．9 文庫分析
3．2．10 文庫保存
第4章 小流域地下水微生物空間變化與機理研究
4．1 微生物水平空間變化分析
4．1．1 水樣微生物總DNA提取
4．1．2 16S rRNA基因克隆文庫的分析
4．1．3 16S rRNA基因系統(tǒng)發(fā)育樹的構建
4．2 水平空間變化機理分析
4．2．1 地下水水質
4．2．2 地下水化學離子類型
4．2．3 微生物類群的分布及其對水環(huán)境的響應
4．3 微生物垂向空間變化分析
4．3．1 樣品采集
4．3．2 微生物總DNA的提取結果
4．3．3 PCR擴增和基因組文庫的建立
4．3．4 ARDRA分析
4．3．5 基因系統(tǒng)發(fā)育分析
4．3．6 微生物群落的垂向變化
4．4 垂向空間變化機理分析
4．5 小結
第5章 小流域地下水微生物時間變化與機理研究
5．1 短時間尺度微生物變化分析
5．1．1 旱季與雨季微生物類群比較
5．1．2 年度之間微生物類群比較
5．2 短時間尺度微生物16S rRNA基因演化分析
5．2．1 旱季與雨季微生物的基因系統(tǒng)發(fā)育分析
5．2．2 年度間微生物的基因系統(tǒng)發(fā)育分析
5．3 小流域主要離子變化分析
5．4 不同下墊面流域微生物變化分析
5．4．1 人類活動輕微擾動下的微生物特征
5．4．2 人類活動顯著擾動下的微生物特征
5．5 長時間尺度微生物16S rRNA基因演化分析
5．6 小結
第6章 地下水與地表水微生物的差異及其成因機理
6．1 微生物類群與多樣性分析
6．1．1 微生物優(yōu)勢類群
6．1．2 微生物多樣性分析
6．1．3 系統(tǒng)發(fā)育分析
6．2 成因機理分析
6．2．1 水文地質成因
6．2．2 化學離子成因
6．3 小結
第7章 地下水和海水微生物的環(huán)境適應與演化
7．1 入海通量分析
7．2 海水對地下水影響分析
7．3 地下水與海水微生物系統(tǒng)發(fā)育分析
7．3．1 水樣微生物總DNA提取
7．3．2 16S rDNA序列的PCR擴增和純化
7．3．3 系統(tǒng)發(fā)育樹的分析
7．4 微生物優(yōu)勢類群及其成因
7．5 小結
第8章 結論與展望
8．1 主要結論
8．2 主要創(chuàng)新點
8．3 不足之處
8．4 展望
附錄1：縮略倒
附錄2：地下水16S rRNA基因的部分序列
附錄3：地表水16S rRNA基因的部分序列
附錄4：海水16S rRNA基因的部分序列
參考文獻
致謝