一座莊園,因為女主人的辭世,悲傷的男主人將女主人生前最愛的花園用圍墻和大門封鎖起來。從此,這里變成了一座灰色的、沒有生氣的園子,花園也變成了一個秘密的花園。隨著時光的流逝,花園的男主人也從此陷入陰霾,脾氣變得愈加古怪和暴躁。一個又干又瘦、霸道而任性的丑女孩瑪麗,當她從睡夢中醒來,得知自己的全部家人因為瘟疫的肆虐而失去了生命后,在姑父阿奇博爾德??颂m文的管家的帶領下,從印度千里迢迢來到了這個莊園。從此以后,她便在這個陌生、充滿了神秘感的遠親家中開始了新的生活。莊園很大,有一百多間屋子,可是到處充滿了灰暗和陰冷?,旣惵犝f了秘密花園的故事,而且會在半夜里聽到不知從哪里傳來的隱隱約約的哭聲,這些都讓她的好奇心膨脹到了極點。閑暇的時候,她獨自來到園子里,來自于大自然的新鮮空氣使得干瘦的瑪麗在奔跑中感受到前所未有的快樂。沒幾天的時間,她的臉上竟然開始有了血色,整個人也精神了許多。在美麗的知更鳥的引導下,瑪麗終于找到了秘密花園的鑰匙。扒開被野藤遮蔽下的木門,圍墻后花園的大門終于顯現(xiàn)在瑪麗眼前?,旣惤Y識了一個叫做迪肯的神奇男孩,只要他一出現(xiàn),小動物們便會圍在他的身邊聽他吹笛子。他和瑪麗成為了好朋友,而秘密花園就是他們玩耍的地方。一次偶然,瑪麗循著哭聲發(fā)現(xiàn)了長期生病臥床的表弟柯林。他因為母親去世而不幸地失去了父親的關愛,瑪麗和迪肯把柯林偷偷帶進了花園,使他對生命重新燃起了熱切的渴望。陽光、健康、青草、風聲成了他們的共同秘密,生命力悄悄地回到了秘密花園,美好的大自然不僅改變了幾個孩子,更改變了阿奇博爾德·克蘭文——莊園的男主人。從此以后,莊園中和諧一片,恬靜而美好的生活開始了……