分子模擬的理論與實(shí)踐

第1章　分子模擬的概況
　參考文獻(xiàn)
第2章　力場(chǎng)
　2.1 力場(chǎng)簡(jiǎn)述
　2.2 力場(chǎng)作用項(xiàng)的一般式
　2.3 常見的力場(chǎng)
　　2.3.1 MM形態(tài)力場(chǎng)
　　2.3.2 AMBER力場(chǎng)
　　2.3.3 CHARMM力場(chǎng)
　　2.3.4 CVFF力場(chǎng)
　　2.3.5 第二代力場(chǎng)
　2.4 涵蓋周期表元素的力場(chǎng)
　2.5 特殊的力場(chǎng)
　參考文獻(xiàn)
第3章　能量最小化
　3.1 勢(shì)能圖與勢(shì)能面
　3.2 函數(shù)的極小值
　3.3 利用導(dǎo)數(shù)求極小值的方法
　3.4 一次導(dǎo)數(shù)求極值法
　　3.4.1 最速下降法
　　3.4.2 共軛梯度法
　3.5 二次導(dǎo)數(shù)求極值法
　　3.5.1 牛頓一拉森法
　　3.5.2 近似牛頓一拉森法
　　3.5.3 對(duì)角線塊狀牛頓一拉森法
　3.6 求分子最低能量構(gòu)象方法的選擇
　3.7 能量最小化的應(yīng)用
　3.8 多原子分子振動(dòng)頻率的計(jì)算
　3.9 以能量最小化方法預(yù)測(cè)團(tuán)簇體的大小
　參考文獻(xiàn)
第4章　分子力學(xué)的應(yīng)用
　4.1 分子結(jié)構(gòu)與勢(shì)能面
　4.2 勢(shì)能面的最小值點(diǎn)、最大值點(diǎn)、鞍點(diǎn)
　4.3 勢(shì)能面與化學(xué)反應(yīng)
　　4.3.1 過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)與反應(yīng)路徑
　　4.3.2 鞍點(diǎn)與二次區(qū)域
　　4.3.3 決定鞍點(diǎn)的方法
　4.4 分子力學(xué)計(jì)算的熱力學(xué)性質(zhì)
　　4.4.1 構(gòu)象能
　　4.4.2 分子的生成焓
　　4.4.3 反應(yīng)熱與生成焓
　4.5 晶體結(jié)構(gòu)的計(jì)算
　4.6 立體效應(yīng)
　參考文獻(xiàn)
第5章　分子動(dòng)力模擬計(jì)算的原理
　5.1 分子動(dòng)力計(jì)算的基本原理
　5.2 牛頓運(yùn)動(dòng)方程式的數(shù)值解法
　5.3 周期性邊界條件與最近鏡像
　5.4 積分步程的選取
　5.5 簡(jiǎn)化單位
　5.6 分子動(dòng)力計(jì)算流程
　5.7 分子動(dòng)力計(jì)算的初始設(shè)定
　5.8 定溫計(jì)算法
　5.9 系統(tǒng)形狀的改變計(jì)算
　5.10 各種系綜的分子動(dòng)力計(jì)算方法
參考文獻(xiàn)
第6章　特殊形態(tài)的分子動(dòng)力學(xué)
第7章　分子動(dòng)力計(jì)算的應(yīng)用
第8章　分子動(dòng)力計(jì)算的應(yīng)用實(shí)例
第9章　長(zhǎng)程作用力的計(jì)算
第10章　蒙地卡羅計(jì)算方法
第11章　蒙地卡羅計(jì)算的應(yīng)用
第12章　蒙地卡羅計(jì)算的實(shí)例
第13章　布朗動(dòng)力計(jì)算方法
第14章　耗散粒子動(dòng)力計(jì)算法
第15章　溶解自由能
第16章　生化分子系統(tǒng)的模擬
第17章　分子模擬與藥物設(shè)計(jì)
附錄A　經(jīng)典運(yùn)動(dòng)力學(xué)
附錄B　統(tǒng)計(jì)力學(xué)
附錄C　天然存在的氨基酸的結(jié)構(gòu)
索引